In 2006 bracht de Nationale ombudsman een rapport uit naar aanleiding van zijn onderzoek uit eigen beweging naar de 100%-controle op Schiphol. De Nationale ombudsman kwam tot de conclusie dat er sinds de invoering van de controle al vele verbeteringen hadden plaatsgevonden. Zo was de informatieverstrekking aan reizigers verbeterd. De Nationale ombudsman signaleerde ook knelpunten: zo was de bejegening van de aangehouden reizigers die onschuldig werden bevonden onder de maat en was ook de interne klachtbehandeling onvoldoende. De Nationale ombudsman adviseerde integrale klachtbehandeling. Daarnaast oordeelde hij dat een deel van de overlast kon worden weg genomen indien het scanapparaat op Schiphol zou staan. Omdat ook na 2006 er klachten zijn ontvangen heeft de Nationale ombudsman vier klachten hieruit geselecteerd en onderzocht. Deze klachten hebben gemeen dat een controle via de scan niet mogelijk was vanwege medische redenen, of dat de resultaten onduidelijk of niet bruikbaar waren. De Nationale ombudsman stelt in dit onderzoek vast dat er een enorm verschil in behandeling is ontstaan van onschuldige personen die wel een scan kunnen ondergaan en de anderen. Degenen die een scan ondergaan en die niet hebben geslikt, hebben een oponthoud van hooguit een uur. De anderen moeten naar het detentiecentrum om schoon te produceren. Deze aanpak wordt als vernederend, en zelfs als marteling, ervaren. Uit het onderzoek wordt duidelijk dat zij alle vier hebben geleden onder deze situatie, en met name de stres. Zij zijn slechts als verdachte en niet als mens behandeld. De DJI en de KMar zijn volledig te kort geschoten in de behandeling van de verdachten. Hiermee is gehandeld in strijd met het vereiste van bijzondere zorg. Sinds 1 september 2006 vindt de klachtenbehandeling centraal door het arrondissementsparket in Haarlem plaats. Het parket ontvangt alle klachten en verdeelt deze over de betrokken instantie. In een gefragmenteerde klachtbehandeling blijven de opeenvolgende fasen van het verblijf van de reiziger buiten beschouwing en wordt het (gebrek aan) samenwerking tussen de verschillende ketenpartners niet onderkend. In ieder geval is een deel van de klachten het gevolg van ketenproblematiek. Dit leidde er toe dat niemand van de verzoekers tevreden was over de klachtbehandeling. Zij voelden zich gehoord noch begrepen. Tot slot wordt opgemerkt dat ook uit procedureel oogpunt de klachtbehandeling op een aantal punten tekort was geschoten. Klachten werden niet herkend, niet tijdig doorgezonden, verzoekers werden niet geïnformeerd over de stand van zaken, op een aantal klachten werd niet gereageerd of werd de essentie van de klacht niet onderkend. Al met al oordeelde de Nationale ombudsman dat door alle betrokken instanties gehandeld was in strijd met het beginsel van fair-play.
Hij deed de verantwoordelijke ministers de aanbeveling te voorzien in voldoende toilet voorzieningen en begeleidingscapaciteit. Tevens deed hij de aanbeveling de vier verzoekers een gepaste compensatie aan te bieden voor het aangedane leed.