De Nationale ombudsman ontvangt soms klachten over het Huis voor Klokkenluiders. Een deel van die klachten gaan over het oordeel van het Huis. Maar ook over keuzes die het Huis in onderzoeken maakt, die invloed hebben op dat oordeel. Om deze klachten goed te kunnen beoordelen, moet de Nationale ombudsman zelf een oordeel vormen over de zaken die het Huis onderzocht.
In artikel 9:23m van de Awb staat: 'De ombudsman is niet verplicht een onderzoek in te stellen of voort te zetten indien het verzoek, dezelfde gedraging betreffende, ingevolge een wettelijk geregelde klachtvoorziening bij een onafhankelijke klachtinstantie niet zijnde een ombudsman in behandeling is of daardoor is afgedaan.'
Dit betekent dat als iemand dezelfde klacht bij een 9:23m instantie én bij de Nationale ombudsman neerlegt, de ombudsman die klacht niet nog een keer hoeft te onderzoeken. Het Huis voor Klokkenluiders is zo'n 9:23m instantie. De ombudsman kiest ervoor om in deze gevallen geen onderzoek te doen. Zo voorkomen we dat er dubbel werk wordt gedaan.
De ombudsman concludeert dat het Huis zelf de taak en expertise heeft om onderzoek te doen. Maar de ombudsman kan de werkwijze van het Huis wel beoordelen op behoorlijkheid. Andere klachten over het Huis voor Klokkenluiders kan de Nationale ombudsman dus wél onderzoeken. Denk daarbij aan klachten over het contact met medewerkers van het Huis, of over de behandeltijd van een onderzoek.